Lakeuden Etapin toimintaa ohjaa sertifioitu toimintajärjestelmä, joka perustuu kansainvälisiin ISO-standardeihin. Järjestelmä kattaa laadunhallinnan (ISO 9001:2015), ympäristöjohtamisen (ISO 14001:2015) sekä työterveys- ja työturvallisuusjohtamisen (ISO 45001:2018). Nämä standardit muodostavat yhdessä Lakeuden Etapin integroidun toimintajärjestelmän.
Toimintajärjestelmä sertifioitiin ensimmäisen kerran keväällä 2009 laadun ja ympäristön osalta. Työterveys- ja turvallisuusjärjestelmä (TTT) auditoitiin ja sertifiointiin liitettiin heinäkuussa 2018. Sertifioidun järjestelmän avulla varmistetaan toiminnan jatkuva kehittäminen, vastuullisuus ja turvallisuus kaikilla organisaation tasoilla.
Määräaikaisauditointi toteutettiin toukokuussa. Auditoinnissa havaittiin neljä lievää poikkeamaa sekä seitsemän parantamismahdollisuutta. Poikkeamien korjaamiseksi päivitettiin tarvittavia toimintamalleja ja täydennettiin dokumentaatiota. Kaikki poikkeamat suljettiin suunnitellun aikataulun mukaisesti, ja sertifioinnit pysyivät voimassa koko auditointijakson ajan.
Edellisen vuoden johdonkatselmuksen seurantapalaveri järjestettiin maaliskuussa suunnitellusti. Tilaisuudessa tarkasteltiin aiemmin sovittujen toimenpiteiden tilannetta ja niiden toteutumista. Syyskuussa pidetyssä, johdon vuosikellon mukaisessa johdonkatselmuksessa arvioitiin toiminnan kehittymistä, tehtyjen toimenpiteiden vaikuttavuutta sekä ympäristönsuojelun toteutunutta tasoa. Lisäksi tarkasteltiin strategian mukaisten tavoitteiden saavuttamista. Katselmuksessa todettiin Lakeuden Etapin toimintojen olevan vaatimusten mukaisia.